В апреле 1920 года Богоявленский храм был национализирован. В 1922 году во время конфискации церковного имущества в помощь голодающим были обвинены в сокрытии ценностей и арестованы настоятель Богоявленской церкви протоиерей Константин Лебедев и староста П.Нестеров.
Арестованный в 1922 году настоятель протоиерей Константин Лебедев, выпускник Томской Духовной Семинарии, был приговорен к расстрелу. Приговор был заменен пятью годами лагерей. Освобожденный досрочно по амнистии отец Константин вновь вернулся в Богоявленскую церковь. В 1936 году он был настоятелем Воскресенской церкви (ориентации Московской Патриархии), затем арестован и осужден на 10 лет.
Приходская община, насчитывающая в 1929 году 215 человек, регулярно, три раза в год (праздники Крещение Господне, Преполовение Пятидесятницы, Первый Спас) организовывала крестные ходы на реку Томь для освящения воды, получая на это разрешение у городских властей вплоть до 1930 года, когда на заявлении Богоявленской общины в Томский Окрисполком разрешить крестный ход на реку Томь 19 января 1930 года, была поставлена резолюция "отказать".
В январе 1930 года богослужения в храме прекратились. В здании храма разместились курсы "Сибжелдорстроя".
В годы Великой Отечественной Войны (в 1942 г.) все помещения церкви были переоборудованы под цеха эвакуированного в Томск московского завода "Красный Богатырь".
За время эксплуатации московским заводом "Красный богатырь" (1942-1946 гг.) и Томским заводом резиновой обуви (1947-1994 гг.) здание храма сильно пострадало: были сняты все колокола, сорваны все кресты с храма, был полностью утрачен восьмерик с куполом, разрушены завершения колокольни и храмовой части, к восточному фасаду пристроено двухэтажное здание, к северному и западному фасадам были пристроены одно- двух этажные каменные сооружения, на южном фасаде срублен декор и изменена форма окон.
Все это привело храм в совершенно неузнаваемый вид. Окруженный со всех сторон пристроенными заводскими цехами храм словно бы исчез за чужими стенами. Проходя вечером мимо завода и видя за окнами в освещенных цехах работающих за станками людей, с трудом можно было предположить, что здесь когда-то стояла церковь, и просто невозможно было догадаться о том, что внутри завода сохранились и выстояли стены древнего храма.
Сбор материалов и формирование альбомов: Налетов Анатолий Викторович